Design of a predicted MHC restricted short peptide inmunodiagnostic and vaccine candidate for Fowl adenovirus C in chicken infection

Hugo Valdivia-Olarte^1,2, David Requena^1,2, Manuel Ramirez^1,2, Luis E Saravia¹, Ray Izquierdo¹, Francesca Falconi-Agapito¹, Milagros Zavaleta¹, Iván Best¹, Manolo Fernández-Díaz¹ , Mirko Zimic^1,2*. ¹Farvet S.A.C. Carretera Panamericana Sur Nº 766 Km 198.5, Chincha Alta. Ica – Peru; ²Laboratorio de Bioinformática y Biología. Molecular, Laboratorios de Investigación y Desarrollo, Facultad de Ciencias y Filosofía, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Av. Honorio Delgado 430, San Martin de Porres. Lima – Peru; Mirko Zimic – E mail: mirko.zimic@upch.pe; Phone: (+511) 3190000 ext. 2604; *Corresponding author

RESUMEN
Fowl adenovirus (FAdVs) es un agente etiológico de múltiples patologías en el pollo. Existen cinco especies diferentes de FadVs, agrupados como FAdV-A, FAdV-B, FAdV-C, FAdV-D, y FAdV-E. Esto es de interés para el desarrollo de metodos de inmunodiagnóstico y candidatos vacunales para infecciones de FadV-C en pollos peruanos, con el uso de predicción de péptidos de unión al Complejo Mayor de Hiscompatibilidad (MHC, siglas en ingles). Hemos secuenciado el genoma completo de una cepa FadV-C aislada de pollos de granja local. Se identificó un total de 44 genes, los cuales codifican proteínas en el genoma de FAdV. Hemos secuenciado doce alelos MHC de pollo Cobb de diferentes granjas de la costa central de Perú, y posteriormente se determinó tres alelos humanos sustitutos para el MHC-I y cuatro alelos humanos sustitutos para el MHC-II para la predicción de péptidos con unión al MHC. Para la predicción de epítopes candidatos se usarón alelos humanos sustitutos de MHC (como alelos de MHC adecuados al pollo) y el programa bioinformático de predicción NetMHC que usa un modelo de predicción péptido-MHC con todos los genomas FAdV disponible. Los péptidos de FAdV específicos con valores de unión calculados a los MHCs conocidos como MHC-I y MHC-II se filtraron adicionalmente para diagnóstico y epítopes potenciales a vacunas. Se consideró en este análisis la promiscuidad a los alelos MHC-I/II humanos y conservación entre los genomas FAdV disponibles. La localización de los epitopes en la superficie de la proteína fue considerada para los péptidos predichos por el MHC clase II. Por lo tanto, un set de péptidos de FadV específicos al MHC clase I y clase II fueron reportados en este estudio. Por lo que, una proteína multiepitópica fue construida con estos péptidos, y posteriormente, la prueba para confirmar la producción de anticuerpos específicos en pollos.