Genome sequence and comparative analysis of Avibacterium paragallinarum

David Requena^{1, 2}, Ana Chumbe¹, Michael Torres^{1, 2}, Ofelia Alzamora1, Manuel Ramirez^{1, 2}, Hugo Valdivia-Olarte^{1, 2}, Andres Hazaet Gutierrez^{1, 2, 3}, Ray Izquierdo-Lara¹, Luis Enrique Saravia¹, Milagros Zavaleta¹, Luis Tataje-Lavanda¹, Ivan Best¹, Manolo Fernández-Sánchez¹, Eliana Icochea^{1, 4}, Mirko Zimic^{1, 2} & Manolo Fernández-Díaz¹* – FARVET Research Group. ¹FARVET S.A.C. ²Laboratorio de Bioinformática y Biología Molecular, Laboratorios de Investigación y Desarrollo, Facultad de Ciencias y Filosofía. Universidad Peruana Cayetano Heredia. ³Institute for Immunology and Informatics, University of Rhode Island. ⁴Laboratorio de Patología Aviar. Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Manolo Fernández-Díaz *Corresponding author. † Correspondencia al autor Dr. Manolo Fernandéz Díaz.

RESUMEN
Antecedentes: Avibacterium paragallinarum, el agente causante de la coriza infecciosa, es una enfermedad respiratoria aguda altamente contagiosa de las aves de corral, que afecta mundialmente a pollos comerciales, gallinas ponedoras y pollos de engorde.

METODOLOGÍA
En este estudio, se realizó el secuenciamiento, ensamblaje y la anotación del genoma completo de un aislado peruano de A. paragallinarum. El genoma fue procesado en un secuenciador GS FLX Titanium 454. El ensamblaje de novo de la secuencia se llevó a cabo usando el software GS De Novo Assembler 2.6; y la anotación se realizó utilizando el modelo génico de H. influenzae str. F3031. La curación manual del genoma se realizó usando el programa Artemis. La función putativa de los genes se predijo con Blast2GO. Los factores de virulencia se identificaron por comparación con la Base de Datos de Factores de Virulencia (VFDB).

RESULTADOS
El genoma obtenido tiene una longitud de 2,47 Mb con 40,66% de contenido de GC. Se obtuvieron setenta y cinco contigs grandes (>500 nt), en los cuales se obtuvo 1,204 genes predichos. Todos los contigs están disponibles en GenBank [GenBank: PRJNA64665]. Un total de 103 factores de virulencia, reportados en la VFDB, se encontraron en A. paragallinarum. Cuarenta y cuatro de ellos están presentes en 7 especies de Haemophilus, los cuales están relacionados con la patogenia, virulencia y la evasión del sistema inmune. Se encontró un transposón asociado a resistencia de tetraciclina (Tn10) en A. paragallinarum, actuando posiblemente como un mecanismo de defensa.

DISCUSIÓN Y CONCLUSIONES
La disponibilidad del genoma de A. paragallinarum representa una importante fuente de información para el desarrollo de pruebas de diagnóstico, genotipificación y nuevos antígenos para potenciales vacunas contra la coriza infecciosa. La identificación de factores de virulencia contribuye a una mejor comprensión de la patogénesis y a la planificación de esfuerzos de prevención y control de la enfermedad.

Para acceder al artículo original, revisar el siguiente link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23861570.